一般会計と特別会計を合わせた総額は108兆1453億円で、09年度当初予算と比べて2兆9805億円の増。
　厚生行政では、新型インフルエンザや難病など、各疾患対策に重点配分されている。地域医療体制では、医師確保や救急医療、周産期医療への対策が大きな柱で、薬害再発防止のための安全対策なども上がっている。少子化対策としての出産育児一時金引き上げ措置の継続や、不妊治療への支援も行う。
　概算要求の主要項目は▽地域医療の再生に向けて▽安心・活力の実現に向けた雇用対策の推進▽少子化対策の総合的な強化▽生活安心保障の再構築▽健康で暮らせる社会の実現に向けて▽高齢者が生き生きと安心して暮らせる社会の実現▽障害者の自立支援の推進▽働き方の改革―など。

■プレパンデミックワクチン、100万人分を製剤化
　新型インフルエンザ対策では、患者を受け入れるためのベッドや人工呼吸器などの設備整備、相談窓口設置など医療提供体制整備に207億円を計上した。鳥インフルエンザによる新型インフルエンザが発生した場合に感染リスクが高い職種の人に接種できるよう9.5億円を要望し、100万人分のプレパンデミックワクチンを製剤化するとしている。新型インフルエンザワクチンの製造・買い上げに60億円、タミフルなど抗インフルエンザ薬の備蓄に1.1億円をそれぞれ計上し、検疫体制の強化のための人員確保や設備整備も進める。

■救急・産科など選んだ医師に最大月額5万円
　医師や看護師など人材確保に498億円を計上した。診療科間の偏在を解消するため、臨床研修終了後に救急や産科など不足が深刻な科を選んだ医師に、最大月額5万円の研修医手当て支給するとしている。休日・夜間の手当てや分娩手当てへの財政支援も行うとした。地域間偏在を解消するため、都市部の研修病院が医師不足の地域で研修を行ったり、臨床研修終了後に専門科目の研修を行う際、医師不足地域で内科や外科など地域医療を支える研修を行う場合への支援として86億円を計上している。
　医療事故で患者が死亡した場合に死因究明や再発防止を行うための仕組みの検討や、産科医療の無過失補償制度の運用に4.6億円を充てた。
　院内保育の充実や相談窓口の設置など、女性医師の離職防止や復職支援に58億円、新人看護師の卒後研修の体制構築に133億円をそれぞれ計上した。

■小児救命センターを8か所設置
　救急医療や周産期医療体制の確保には618億円を要望した。急性期病院に入院した患者がスムーズに病棟や施設を移れるよう、コーディネート役の専任者を配置するとして235億円を計上。超急性期の小児救命を担う「小児救命救急センター（仮称）」を8か所設置するとして、6.1億円を求めている。

■NICUの退院支援にモデル事業
　NICU（新生児集中治療室）やMFICU（母体・胎児集中治療室）に入院する妊婦や新生児を迎えに行ったり、自宅近くの病院に戻したりする搬送を支援するとして113億円を計上した。NICUに長期入院する子どもが在宅に戻れるようトレーニングを行う「地域療育支援施設（仮称）」のモデル事業実施や、レスパイトケアを実施する病院への支援に2.3億円。次期医療計画の策定に向けた検討会開催や情報提供も進める。出産育児一時金は4万円引き上げて原則42万円にする措置を継続するとし、185億円を充てている。

　がんなど生活習慣病対策には546億円。放射線療法などの専門医師育成や緩和ケアの推進、子宮頸がんや乳がんの検診の無料クーポン券配布などを進める。難病など各種疾病対策や移植対策推進には1975億円を充て、難病や肝炎、エイズ、リウマチ、腎疾患対策などを行う。

また、医薬品や医療機器による健康被害の再発防止のため、市販後安全対策などに13億円を計上。未承認薬などを迅速に審査していくための方策の検討（8.1億円）や、後発医薬品の使用促進のための情報提供など（3.8億円）を進める。

　このほか、不妊治療の費用助成として、年2回まで1回15万円を助成する（82億円）。小児慢性疾患特定疾患治療研究事業や未熟児養育医療の給付も進める（147億円）。2011年度をめどに導入する社会保障カード（仮称）を利用していくための検討や環境開発（9.8億円）、レセプトオンライン化への支援（237億円）も実施するとした。

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