要望書は、医学部を有する42国立大学が抱える国からの借入金総額1兆35億1132万4000円について、「国立大学法人経営の大きな足かせとなっている」として解消を求めている。

　法人化前の医学部を有する国立大学は、病院建物の建造や医療機器の購入などの際に国から一部融資を受けており、大学病院で得た報酬から毎年返還している。加えて、法人化した2004年度以降は大学の運営費交付金が年に1%ずつ削減されており、国立大の経営悪化に拍車をかけている。国立大学協会の調べによると、借入金が最も多いのは東大で約679億円、最も少ないのは大分大で約59億円。

　要望書はまた、2010年度に独法化する国立がんセンターの借入金については与謝野馨財務・金融・経済財政相が来年度予算で「財政状況をより健全に」する意向を表明していることにも言及し、「国立大学病院の借入金も国立病院と同じ構図でできたのだから、全国の国立大の借入金の解消も可能」とした。
　嘉山孝正委員は会見で、「国の事業による借金を、国家公務員である我々医師や看護師、事務員らが附属病院で収入をあげて、働いて返しているという国は他にない」と批判。安田委員長は法人化前の国立大が現在の独立行政法人国立大学財務・経営センター（文部科学省管轄の旧国立学校財務センター）から融資を受けていたことについて、「高い利子の借入金だが、当時は国立だったのでそれ以外に選択肢はなかった」と述べた。建物の老朽化や待ち時間の長さなどの国立大附属病院のイメージについて、国民からは医師や教官が悪いと思われているとして、背景事情を知ってほしいと訴えた。

　要望書ではこのほか、▽低医療費政策を改めて医療費をOECD加盟諸国並みにまで引き上げる▽人口当たり医師数、高等教育費をOECD加盟諸国並みにまで引き上げる▽医学部教職員を国際水準並みにするため少なくとも現状の約3倍にまで増員―などを求めた。また、建議が提言する医師の計画配置については、「国立大医学部における教育には国税を使っているので、学生の専門の決定や配置に関しては規制が導入されてもよいという意見は、基本的人権の見地から見ても誤り」と主張している。
　
　また、財務省や厚生労働省の公開会議で使用されている資料が財政審の議論に使われていないと指摘し、「科学的な証拠を持たない意見や合理的とは言えない海外資料の解釈が採用されている」と遺憾の意を表明。その上で、医療や医学教育の現場に即さない議論によって来年度の予算編成や政策決定がなされることを危惧するとした。安田委員長は「一番欠けているのは医療の質を担保しようという点。医療について教育というインフラを考えず、"みてくれ"だけ整えても必ず崩壊する。医療や教育の基盤は相互に関連するもの」と、建議が歳出改革路線を堅持する方向であることを批判した。

　要望書は麻生首相、与謝野財務相、塩谷立文部科学相、舛添要一厚生労働相、西室泰三財政審会長に送付される。

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