この問題を巡る主なやりとりは以下の通り。

　菊田真紀子衆議院議員
「出向者は何人で、管理職に占める割合をお聞かせいただきたい」

　川尻良夫理事
「４月１日現在で職員は599名いて、そのうち厚生労働省からの出向は120名。役員は６人中、ＯＢはいないが２人が出向者。職員のうちの部長以上の幹部職員は監事も含め38名いるが、そのうち28名が出向者」

　菊田
「説明された方は出向？」

　川尻
「私は出向」

　菊田
「そちらの方も？」

　川原章理事（技監）
「この場にいる２名が出向」

　菊田
「なるほど、これが実態。私の問題意識としては、審査期間や結論が厚生労働省職員の意欲とか恣意性に左右されることがあってはならないと思うし、独立行政法人と言いながら独立性が問われるようなお役所的な組織になっていたとすれば、独法のあり方としてふさわしくないと考える。600名のうち120名というのは非常に大きい。この点について厚生労働省はどう考えているか」

　高井康行医薬食品局長
「国が行っていた審査業務、安全業務を移管したという設立の経緯がある。一定の水準に保たなければならないし、承認にしろ、安全にしろ、最終的には大臣の職務権限。一方でPMDAでは調査・審査をやっていただいている。お互いに連携をして進めないといけないということで、そういう意味での情報の交流が大事だと考えているので、この辺は大事にしていきたい」

　尾立源幸参院議員
「トップマネジメントの部分が全部厚生労働省からの出向職員。その下にプロパーの方がいるという構造になっている。そうすると、これは丸々厚生労働省なんじゃないか。そういう風に皆さん思ってしまう」

（中略）
　長隆仕分け人
「プロパーの人が腐っているという書き込みが非常に多い」

　近藤達也理事長
「私は腐っているとは思ってない。人事だけで仕事をしているわけじゃなくて、面白い仕事をしているかどうかというのが重要だと思う。そういう自分のポジションだけでモノを考えている人には我がPMDAは向かない。専門職だから。だから、いずれしっかり仕事をしていただく方には、当然それなりの地位に、結果としてなる。この組織はできてから６年しか経ってない。６年でまだまだ十分なプロパーの人が育ってないわけで、当然現状では部長クラスはかなりのものがプロパーでない方だが、近年急速に部長はプロパーの方を増やしてきているので、これからどんどん平均化されていくんだろう。ほとんどの方がプロパー出身になっていくことは間違いない」